コレログラム
コレログラム は相関行列の図示に有効。詳しくはCorrgrams: Exploratory displays for correlation matrices を参照。
R では、corrgram パッケージのcorrgram(x, order = , panel=, lower.panel=, upper.panel=, text.panel=, diag.panel=) 関数を使う。
オプション
x : 行ごとに観測値が並んだデータフレーム
order=TRUE : 相関行列の主成分得点で変数を並べ替える
panel= : 対角線の上と下の領域。lower.panel, upper.panelでそれぞれの領域の描画を指定。そのほか、text.panel, diag.panelで対角線部分の指定。それぞれのパラメータは以下のとおり
対角線の上下
panel.pie 相関の大きさを円グラフにしたもの
panel.shade 相関の大きさを色の濃さで表したもの
panel.ellipse 信頼区間の楕円とフィットライン
panel.pts 散布図
対角線
panel.minmax 変数の最大値と最小値
panel.txt 変数の名前
# コレログラムの例
library(corrgram)
data(baseball)
vars2 <- c("Assists", "Atbat", "Errors", "Hits", "Homer", "logSal", "Putouts", "RBI", "Runs", "Walks", "Years")
corrgram(baseball[,vars2], order=FALSE, main="Baseball data PC2/PC1 order", lower.panel=panel.shade, upper.panel=panel.pie, text.panel=panel.txt)
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# コレログラムの例2
library(corrgram)
corrgram(mtcars, order=TRUE, lower.panel=panel.ellipse,
upper.panel=panel.pts,
text.panel=panel.txt,
diag.panel=panel.minmax,
main="Car Milage Data in PC2/PC1 Order")
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# コレログラムの例3
library(corrgram)
corrgram(mtcars, order=NULL, lower.panel=panel.shade,
upper.panel=NULL, text.panel=panel.txt,
main="Car Milage Data (unsorted)")
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色を変える
colorRampPalette( ) 関数を使う col.corrgram( ) をつくってみた。
library(corrgram)
col.corrgram <- function(ncol){
colorRampPalette(c("darkgoldenrod4", "burlywood1","darkkhaki", "darkgreen"))(ncol)}
corrgram(mtcars, order=TRUE, lower.panel=panel.shade, upper.panel=panel.pie, text.panel=panel.txt, main="Correlogram of Car Mileage Data (PC2/PC1 Order)")
# cm系
col.corrgram <- function(ncol){
colorRampPalette(cm.colors(7)[c(1,3,5,7)])(ncol)}
corrgram(mtcars, order=TRUE, lower.panel=panel.shade, upper.panel=panel.pie, text.panel=panel.txt, main="Correlogram of Car Mileage Data (PC2/PC1 Order)")
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