パッケージ

パッケージとは、Rの関数、データ、コンパイルされたコードなどを集めたもの。パッケージを保存したディレクトリをlibraryと呼ぶ。Rは起動時に標準的なパッケージを読み込む。他のパッケージはダウンロード・インストールが必要である。一旦インストールしたあとは読み込みを行えば使用可能。

.libPaths() # パッケージファイルの場所
library()   # インストールされているパッケージ
search()    # ロードされているパッケージ


パッケージを追加でインストールする

・R-tipsの該当ページ参照。
・パッケージのリスト from CRAN.
・CRAN Task view: 領域ごとにパッケージを集めたもの

便利なパッケージとインストールのコード

以下のコードでインストール可能。あとはlibrary("パッケージ名") で読み込み。

options(repos="http://cran.md.tsukuba.ac.jp")
# install.packages("aspace") # 三角関数
install.packages("bootstrap") # ブートストラップ
install.packages("car") # 回帰いろいろ。主に分散分析
install.packages("ctv") # CRAN Task Viewのインストール
install.packages("doBy") # いろんな集計関数
install.packages("foreign") # 他形式ファイルの処理
install.packages("FactoMineR") # いろんな因子分析
install.packages("gclus") # クラスター化したグラフ
install.packages("ggm") # 偏相関を算出するpcor関数
install.packages("ggplot2") # 暫定
install.packages("gmodels") # クロス集計
install.packages("GPARotation") # 因子分析の回転
install.packages("Hmisc") # グループ化集計とかいろいろ
install.packages("lattice") # グラフ
install.packages("lme4") # マルチレベルモデル。でも基本はnlme
install.packages("ltm") # 暫定
install.packages("MASS") # いろいろ。
install.packages("msm") # Multi-state Markov and hidden Markov models in continuous time (?)
install.packages("nFactors") # 因子分析の因子数推定
install.packages("nlme") # マルチレベルモデル
install.packages("polycor") # ポリコリック相関
install.packages("psych") # 心理統計ほかいろいろ
install.packages("pwr") # 検定力分析
install.packages("qgraph") # 心理統計のグラフ化
install.packages("Rcmdr") # RのGUI
install.packages("reshape") # データの整形
install.packages("RODBC") # 他形式ファイルの処理
install.packages("R2HTML") # html形式での出力
install.packages("sem") # 構造方程式モデリングbr/> install.packages("sm") # 密度プロットの比較
install.packages("vcd") # クロス集計
install.packages("xlsReadWrite") # xls形式ファイルの処理
install.packages("xlsx") # xlsx形式ファイルの処理

パッケージの更新

options(repos="http://cran.md.tsukuba.ac.jp")
update.packages(ask=F)

パッケージの確認

# インストールされているパッケージ
library()

# 読み込まれているパッケージ
search()
# 読み込まれているパッケージを取り除く
detach(package:パッケージ名)

CRAN Task Viewのインストールと更新

# インストール
library(ctv)
install.views("Cluster")
install.views("Multivariate")
install.views("Psychometrics")
install.views("SocialSciences")
install.views("Cluster")
# 更新
library(ctv)
update.views("Cluster")
update.views("Multivariate")
update.views("Psychometrics")
update.views("SocialSciences")


Rgraphvizのインストール

参考リンク
Rgraphvizのインストール（Windows）
Install RGraphviz under Windows
Graphviz - Graph Visualization Software (Bioconductor)
Rgraphviz

以下手順

  1. http://www.graphviz.org/pub/graphviz/stable/windows/ より、graphviz-2.20.3a.msiをダウンロードしてインストール (2011年3月25日現在、最新版は2.26.3だが、それでもやはりこのバージョンじゃないとエラーがでる) 。
  2. Windows Vistaの設定を行う。
    • コントロールパネル -> システム -> システムの詳細設定 -> 詳細設定タブ -> 環境変数ボタン　クリック
    • "システム環境変数" (下側) で"新規" をクリック
    • "変数名" には Path
    • "変数値" には C:\Program Files\Graphviz2.20\bin\ と入力。その後OK連打
    • コンピュータを再起動
  3. Rを起動し、以下のコードを実行

    4. source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("Rgraphviz")

試してみよう

# Rgraphvizのヘルプから
library("Rgraphviz")
set.seed(123)
V <- letters[1:10]
M <- 1:4
g1 <- randomGraph(V, M, 0.2)
g1 <- layoutGraph(g1)
renderGraph(g1)

# psychパッケージのstructure.diagram, fa.diagram関数
library(psych)
library(GPArotation)
fx <- matrix(c(.9,.8,.6,rep(0,4),.6,.8,-.7),ncol=2)
fy <- matrix(c(.6,.5,.4),ncol=1)
Phi <- matrix(c(1,0,0,0,1,0,.7,.7,1),ncol=3,byrow=TRUE)
f1 <- structure.diagram(fx,Phi,fy,main="A structural path diagram")

test.simple <- fa(item.sim(16),2,rotate="oblimin")
fa.diagram(test.simple)


自分でパッケージを作る

To create your own packages look at Writing R Extensions (the definitive guide) and Simple Generation of R Packages Under Windows (just what it says).